La meilleure procédure reste, à mon avis, de faire à chaque modification du mod, une désinstallation de la version précédente, une suppression du répertoire et de l'installer du mod dans le répertoire de BG2 puis de copier coller la nouvelle version et de refaire l'installation du mod.
Je pense que c'est beaucoup plus sûr qu'une réinstallation après avoir changé les fichiers.
C'est certes plus rébarbatif mais au moins tu ne risqueras pas d'"abimer" ton installation de BG2. Après chaque désinstallation, le jeu sera de nouveau nickel.
Et il n'y a pas besoin de changer le numéro de la version du mod à chaque modification, le n° de la version n'est que le nom que tu donnes à ton fichier, ça n'a aucune incidence sur le mod en lui-même.
Dernière chose : tester les mods toujours un par un.
Je dis ça dans l'éventualité où tu testerais tes deux mods en même temps, ça peut créer des conflits, notamment à la désinstallation des mods.
En effet, quand tu installes plusieurs mods à la suite, il faut faire les désinstallations dans le sens inverse : par exemple, tu installes le mod A puis le mod B, il faudra désinstaller le mod B en premier puis le mod A pour respecter l'intégrité du jeu.
Voilà quelques recommandations qui te permettront d'être sûr de ne pas pourrir ton install de BG2.
Si jamais ton bug avec le soldat amnien persiste, ça voudra dire qu'il y a toujours un problème quelque part dans le mod.